W 1998 roku przewiozła 28 305 t towarów. W 1999 roku posiadała cztery parowozy Px48 (w tym dwa nieczynne), lokomotywę spalinową Lyd1 i pięć wagonów osobowych.
W 2001 z usług Gnieźnieńskiej Kolei Wąskotorowej skorzystało ok. 15 tysięcy osób. W 2003 kolej została przekazana Powiatowi Gnieźnieńskiemu i odzyskała nazwę „Gnieźnieńska Kolej Wąskotorowa”. W tym czasie pociągi rozkładowe z lokomotywą spalinową Lxd2 kursowały w wakacyjne soboty i niedziele, rozpatrywano wówczas nawet budowę linii kolejki z Witkowa do Ośrodka Wypoczynkowego w Skorzęcinie.
Całość linii ze względu na zły stan techniczny 1 września 2015 została wyłączona z eksploatacji, do czasu wymiany około 9000 podkładów kolejowych, co wg szacunków kosztować będzie około 600 tys. zł. Odcinek Ostrowo – Anastazewo z powodu złego stanu torowiska nie był eksploatowany już od sierpnia 2011.
Na przełomie 2018 i 2019, w ramach projektu Przebudowa i remont wąskotorowej linii kolejowej na odcinku Gniezno – Jelonek, kosztem 278 tys. złPrzystanek na Jelonku ukończony. oczyszczono i podsypano tory oraz wymieniono podkłady na 3,5 km odcinku biegnącym w granicach GnieznaKolejka zatrzyma się na przystanku w Lesie Jelonek..