mały|160px|20 złotych marek z 1911 roku z portretem Fryderyka II Regencja i osobiste rządy Fryderyk już w listopadzie 1881 do października 1882 sprawował regencję, ponieważ jego ojciec był wtedy ciężko chory na tyfus. Rządy w państwie przejął 28 września 1907 roku po śmierci ojca Fryderyka I. W dużej mierze kontynuował liberalną politykę swego ojca. Na czasy jego rządów przypadają założenie Wyższej Szkoły Handlowej w Mannheim, na bazie której powstał uniwersytet w Mannheim (1908) oraz dobudowa skrzydła bocznego galerii w muzeum sztuki (Kunshalle) w Karlsruhe (1909), która była już zaplanowana przez jego ojca i miała być poświęcona twórczości Hansa Thomy.
Pracami jego rządu kierowali minister stanu Alexander von Dusch (1905-1917) oraz Heinrich von Bodman (1917–1918). Po dymisji Bodmana 10 listopada 1918 doszło do utworzenia ostatniego rządu za czasów Fryderyka II pod kierownictwem socjaldemokraty Antona Geißa, na którego mianowanie książę nie miał wpływu. Po tym, jak przed zamkiem w Karlsruhe zaczęło dochodzić do strzelaniny, Fryderyk przeniósł się najpierw na zamek Zwingenberg. W dniu 22 listopada 1918 roku na zamku Langenstein koło Eigeltingen w Hegau podpisał dokument, w którym zrezygnował z tronu badeńskiego.