рэдкал.: С.В. Марозава [і інш.]. – Гродна: ГрДУ, 2007, s. 31–38.. Mimo początkowej odmowy przyjęcia listu przypowiedniego od Krzysztofa Radziwiłła „Pioruna” wziął udział w wojnie inflanckiej (1601–1605). 5 marca 1603 jego chorągwie wyróżniły się w bitwie pod Rakiborem (dowództwo Jana Karola Chodkiewicza). Brał także udział w zwycięskiej dla Litwinów bitwie pod Białym Kamieniem (25 września 1604), gdzie wojska litewskie rozbiły oblegających miasto Szwedów. W uznaniu dotychczasowych zasług Sapieha otrzymał tymczasowe dowództwo w obozie wojsk litewskich podczas nieobecności Chodkiewicza pod Dorpatem, a w bitwie pod Kircholmem dowodził całym prawym skrzydłem armii litewskiej. Dowodzony przez niego pułk wytrzymał jedno z głównych uderzeń armii szwedzkiej, które osobiście wsparł na czele odwodów król szwedzki Karol IX. Udział w kampanii inflanckiej rozsławił imię Jana Piotra Sapiehy – za zasługi wojenne otrzymał w 1606 prawem panis bene merentium (chleb dobrze zasłużonych) starostwo uświackie, a sejm w roku 1607 przyznał mu 10 000 złotych polskich.
W czasie rokoszu Zebrzydowskiego mimo początkowych sympatii dla rokoszan (Sapieha sam doświadczył ciągłych braków w wypłacanym żołdzie) opowiedział się ostatecznie po stronie króla.