W XVIII wieku zbudowano dzwonnicę, bramę Zborowskiego, piekarnię, dom metropolity, bursę i inne zabudowania.
W 1882 zburzono od strony zachodniej ganek z czasów Iwana Mazepy, zastępując go stylizacją neobizantyjską.
W 1921 w soborze wszechukraiński sobór wyświęcił protoprezbitera Wasyla Lypkiwśkoho na Metropolitę kijowskiego i całej Ukrainy, głowę nowo utworzonego niekanonicznego Ukraińskiego Autokefalicznego Kościoła Prawosławnego. Tego samego roku Narodowa Akademia Nauk Ukrainy utworzyła Komisję ds. cerkwi Mądrości Bożej, w celu ratowania soboru przed zniszczeniem przez władze, w ramach regularnej akcji ateizacji ZSRR. W 1934 w ramach akcji zamykania i burzenia świątyń w stolicy Ukrainy, cały zespół klasztorny Mądrości Bożej, razem z drugim głównym monasterem miasta, ławrą Peczerską, zamieniono w muzeum. Rząd komunistyczny zakazał sprawowania liturgii w soborze. Zabrano złote i srebrne przedmioty liturgiczne, królewskie wrota, ikony, kadzielnice, świeczniki, szaty i księgi liturgiczne. Pozłocony ikonostas, po zdarciu złota, spalono. We wrześniu 1941, według świadectw byłego dyrektora sofijskiego muzeum, Oleksego Powstenki, władze próbowały zaminować sobór i wysadzić go w powietrze. Nie zdążyli zrobić tego przed przyjściem wojsk niemieckich. Saperzy niemieccy oczyścili obiekt.