Rozwój systemu Powstanie systemu APG możliwe było dzięki postępowi biologii molekularnej. Gwałtowny rozwój metod i wiedzy na temat sekwencji DNA roślin nastąpił od lat 90. XX wieku. Szczególnie przydatne dla ustalania pokrewieństwa roślin okazały się badania nad plastydowym genem rbcL. Równoczesny rozwój teorii filogenezy oraz możliwości przetwarzania danych pozwolił na stworzenie w ciągu zaledwie kilku lat zarysu drzewa filogenetycznego roślin okrytonasiennych. System APG opublikowany został po raz pierwszy w 1998 rokuAngiosperm Phylogeny Group. 1998. An ordinal classification for the families of flowering plants. Annals of the Missouri Botanical Garden 85: 531–553. i ówczesna wersja znana jest pod skrótem APG I (lub też po prostu APG). W związku z szybkim rozwojem wiedzy w zakresie filogenezy roślin, już po upływie 5 kolejnych lat, w 2003 roku, opublikowana została zrewidowana i uzupełniona wersja znana jako APG IIAngiosperm Phylogeny Group. 2003. An update of the Angiosperm Phylogeny Group classification for the orders and families of flowering plants: APG II. Botanical Journal of the Linnean Society 141: 399-436. Dostępny online: Abstract, Pełny tekst (HTML) i Pełny tekst (PDF). .. System APG jest rozwijany nadal, taksonomowie śledzący postępy w zakresie badań molekularnych aktualizują i uszczegóławiają go na bieżąco.