Po rozstaniu z kadrą Kilka miesięcy po rozstaniu z kadrą, w grudniu 2010, zastąpił Slobodana Krčmarevicia na stanowisku szkoleniowca Anorthosisu Famagusta. Wśród jego podopiecznych w tym czasie byli m.in. wychowanek z Lewskiego i reprezentacji Stanisław Angełow oraz polski bramkarz Wojciech Kowalewski. W pierwszym sezonie swojej pracy Stoiłow zajął z Anorthosisem trzecie miejsce w lidze i dotarł do półfinału Pucharu Cypru, w którym przegrał w dwumeczu (1:1 i 1:2) z Apollonem Limassol. Mimo to klub awansował do rozgrywek Ligi Europy. Jednak stąd odpadł już w trzeciej rundzie, po porażce w dwumeczu (0:2 i 2:1) z macedońskim FK Rabotniczki Skopje. Słabsze wyniki w europejskich pucharach oraz porażka w prestiżowym meczu derbowym z Omonią Nikozja sprawiły, że we wrześniu 2011 Stoiłow został zwolnionyLivebeStodds: News - Official - Levski coach fired by Anorthosis (Dostęp 30 września 2011).
Do pracy szkoleniowej powrócił dopiero ponad rok później.