W marcu 1948 roku miał miejsce pogrzeb dzieci ekshumowanych z terenu żydowskiej ochronki przy ulicy Grodzkiej.
W 1952 roku powierzchnię nekropolii określono na 8,5 hektara. W 1958 roku ekshumowano szczątki rabina Majera Szapiry, które następnie przeniesiono do Jerozolimy. W tym samym roku na cmentarzu miały zostać złożone szczątki ponad 2 tysięcy Żydów ekshumowane z terenu całej Lubelszczyzny.
W 1960 roku na terenie cmentarza wybuchł pożar, wzniecony najprawdopodobniej przez przekradające się przez parkan dzieci. W latach 60. Kongregacja Wyznaniowa z Lublina prowadziła sprzedaż siana pochodzącego z tego terenu. W 1965 roku na tym obszarze przystąpiono do czynności porządkowych finansowanych przez Wydział Gospodarki Komunalnej i Mieszkaniowej przy Prezydium Miejskiej Rady Narodowej. We wrześniu 1966 roku przeprowadzono inwentaryzację zachowanych nagrobków, których wykazano 68. Ogrodzono również część użytkową cmentarza.