Podczas kampanii wrześniowej udał się z grupą ewakuacyjną do Pińska. Następnie przez Bukareszt przedostał się do Paryża, gdzie w odtworzonym Kierownictwie Marynarki Wojennej objął posadę zastępcy szefa. W trakcie zajmowania Francji przez Wehrmacht kierował ewakuacją Wojska Polskiego do Wielkiej Brytanii, po czym przybył do Londynu. W 1941 gen. broni Władysław Sikorski odwołał szefa Kierownictwa Marynarki Wojennej wadm. Jerzego Świrskiego i jego zastępcę komandora Karola Korytowskiego. Powodem tych dymisji był sposób prowadzenia polityki kadrowej i uposażeniowej w Marynarce Wojennej, a bezpośrednią przyczyną stała się samobójcza śmierć dowódcy ORP „Wilk” i grupy okrętów podwodnych kmdra ppor. Bogusława Krawczyka. Na miejsce wadm. Świrskiego powołano kmdra Tadeusza Morgensterna-Podjazda, ale ostatecznie objął on funkcję po kmdrze Korytowskim. Wadm. Świrski pozostał na stanowisku, gdyż brytyjska Admiralicja nie widziała nikogo, kto mógłby go zastąpić, a kmdra Korytowskiego przeniesiono na delegata do Biura Prac Ekonomicznych, Politycznych i Prawnych. W związku ze źle układającą się współpracą pomiędzy wadm. Świrskim i kmdrem Morgensternem-Podjazdem w 1942 na stanowisko zastępcy szefa Kierownictwa Marynarki Wojennej powrócił kmdr Korytowski.