Podczas II wojny światowej drużyna nadal współpracowała z nauczycielami liceum im. Staszica, prowadzącymi tajne komplety. Jednocześnie jednak z chwilą wejścia do struktur Szarych Szeregów w 1944 roku została przydzielona do Bloku „Prochownia”, w ramach IV Obwodu Okręgu Warszawskiego AK (Ochota).
Powstanie Warszawskie z oczywistych względów zahamowało jakąkolwiek działalność harcerską inną niż walka. Po kapitulacji niektórzy chłopcy trafili do Krakowa, gdzie pod wodzą Józefa Przewłockiego odbyli kilka zbiórek. Po zakończeniu działań wojennych Szesnastka powróciła do Liceum im. Staszica, które jednak z uwagi na zniszczenia w budynku przy ul. Noakowskiego funkcjonowało tymczasowo przy ul. Wawelskiej 46, w budynku liceum im. Słowackiego (przed wojną liceum żeńskiego, z którego uczennicami utrzymywano ożywione kontakty).