Po kapitulacji opuścił Warszawę wraz z ludnością cywilną i zbiegł z transportu do obozu przejściowego w Pruszkowie. Nawiązał kontakty z działaczami narodowymi, którzy schronili się w podwarszawskich miejscowościach, jak Milanówek, Podkowa Leśna, Grodzisk Mazowiecki.

Konspiracja antykomunistyczna thumb|Zdjęcie przy symbolicznym grobie Włodzimierza Marszewskiego w Kwaterze Ł na Cmentarzu Wojskowym na Powązkach w Warszawie W listopadzie 1944 roku uczestniczył w naradzie przedstawicieli SN, NOW-AK i NSZ-AK, podczas której wszedł w skład najwyższych władz SN oraz komisji wojskowej, przygotowującej powstanie Narodowego Zjednoczenia Wojskowego. W marcu 1945 roku stanął na czele Wydziału Wojskowego SN, a po formalnym ukonstytuowaniu Komendy Głównej NZW objął kierownictwo II Oddziału. Od jesieni 1945 roku był szefem odtwarzanej przez SN Delegatury Rządu. Jednocześnie kierował Wydziałem Politycznym Zarządu Głównego SN. W listopadzie tego roku został mianowany p.o. Komendanta Głównego NZW;