W Gdańsku istniały trzy cmentarze żydowskie, z których pozostały dwie nieczynne nekropolie. Większa znajduje się przy ul. Cmentarnej (opodal katolickiego cmentarza Salvator Nowy), a mniejsza przy ul. Traugutta na Królewskim Wzgórzu (w okolicach Świętej Studzienki).
Cmentarz przy Grodzisku Powstał w czasach krótkiego osadnictwa Żydów (lata 1709–1740) w śródmiejskim rejonie Grodziska. Dokładna lokalizacja cmentarza nie jest znana. Był czynny w latach 1710–1730 i następnie w czasach napoleońskich (od 1807 roku), kiedy chowano na nim poległych w walkach, początkowo pochowanych na przykład w przydomowych ogródkach. Cmentarz został zlikwidowany w 1840 roku podczas rozbudowy umocnień Grodziska. Szczątki zmarłych zostały ekshumowane i przeniesione na cmentarz żydowski w obecnej dzielnicy Chełm.
Cmentarz na Chełmie Zabytkowy (nr rej. 904 z 3 października 1984) cmentarz żydowski (Jüdischer Friedhof) na tzw. Żydowskiej Górce w Chełmie (przed 1945 rokiem noszącym nazwę Stolzenberg) został założony w paśmie wzgórz morenowych najpóźniej w drugiej połowie XVI wieku. Pierwsza historyczna wzmianka o nim pochodzi z 1694 roku. Chełm był ówcześnie samodzielną wsią, a od 1773 roku oddzielnym miastem. W 1814 roku Chełm został przyłączony do Gdańska.