Drugi samolot seryjny, przejęty już przez Szwedzkie Siły Powietrzne, uległ katastrofie w czasie pokazu w Sztokholmie 8 sierpnia 1993 rokuWedług L.A. Wieliczko JAS 39C/D Gripen, „Militaria XX wieku” nr 2/2006.– 18 sierpnia 1993 r. Od czerwca 1993 roku seryjne samoloty zaczęły docierać do 7 Flygflottilj (skrzydła lotniczego) w Lidköping, gdzie ulokowano centralny ośrodek szkolenia pilotów i obsługi naziemnej „Gripenów”. Ostatni samolot pierwszej serii przekazano użytkownikowi 13 grudnia 1996 roku. Łącznie podjęto budowę 30 samolotów Batch 1. Ostatni z nich przebudowano na samolot dwumiejscowy. Dostarczono więc 29 maszyn pierwszej serii.
W czerwcu 1992 roku podpisano kontrakt na dostawę drugiej serii 110 samolotów „Gripen” (Batch 2), w tym 14 w wersji dwumiejscowej. W 1994 roku zamówienie Szwedzkich Sił Powietrznych opiewało na 140 samolotów. 20 sierpnia 1996 roku oblatano pierwszy samolot drugiej serii i w grudniu tego roku został przekazany do 7 Skrzydła. Dopiero samoloty serii Batch 2 reprezentowały wersję w pełni bojową. Zbudowano 76 egz. JAS-39A Batch 2, ostatnie 20 „Gripenów” z serii Batch 2 (co łącznie dało 96 jednomiejscowych myśliwców serii 2) zostało wykonanych w zmodernizowanym wariancie, oznaczonym JAS-39C Batch 2. W 2005 roku JAS-39A Batch 2 stanowiły podstawę sił bojowych lotnictwa szwedzkiego.