Na podstawie badań z lat 2016-2019 stan ekologiczny sklasyfikowano jako słaby (IV klasa), a stan chemiczny jako poniżej dobrego. O klasie stanu ekologicznego zadecydował słaby stan fitobentosu, podczas gdy stan makrobezkręgowców bentosowych i makrofitów był umiarkowany. Stanu ichtiofauny nie dało się sklasyfikować ze względu na zbyt małą liczbę stwierdzonych gatunków. Spośród parametrów dotyczących warunków tlenowych, normy stanu dobrego przekroczyło chemiczne zapotrzebowanie tlenu mierzone metodą nadmanganianową. Stwierdzono również podwyższoną zawartość wapnia i twardość wody. Normy przekroczyły również stężenia azotu i fosforu. Z kolei stan elementów hydromorfologicznych sklasyfikowano jako zły (V klasa). Na klasyfikacji stanu chemicznego zaważyła zawartość PBDE w tkankach ryb, kadmu, heptachloru, fluorantenu oraz WWA.
W okresie wyodrębniania w Polsce obszarów szczególnie narażonych na zanieczyszczenia związkami azotu (w myśl dyrektywy azotanowej), zlewnia Awissy należała do OSN Dopływy Narwi od Lizy do Śliny.
W osadach poniżej ujścia z oczyszczalni ścieków w Łapach stwierdzono zanieczyszczenie chromem (57,1 mg•kg-1), niklem i kobaltem, a w mniejszym stopniu miedzią.
Ze względu na niską jakość wód Awissy są one uważane za zagrożenie dla jakości wód Narwi.