21 czerwca 2010 zmieniono nazwę klubu na NK Varaždin.
Pierwszym sukcesem klubu był awans do pierwszej ligi Królestwa Jugosławii w 1938 roku. Sukcesem był także awans do finału Pucharu Jugosławii w 1961 roku, gdzie zespół przegrał z macedońskim Vardarem Skopje.
Gdy w 1991 roku założono pierwszą ligę Chorwacji, ówczesny Varteks także został jej członkiem. W finale Pucharu Chorwacji piłkarze tego klubu grali 5-krotnie i za każdym razem przegrywali. Największym sukcesem w europejskich pucharach był awans do ćwierćfinału Pucharu Zdobywców Pucharów w 1999 roku. Wtedy do przegrał z RCD Mallorca 1:3 w dwumeczu. Natomiast w sezonie 2000/2001 w Pucharze UEFA wyeliminowali m.in. angielską Aston Villę.
Po zakończeniu sezonu 2011/12 z powodu długów w wysokości 40 milionów kun klub został zdegradowany do ligi regionalnej (7 poziom), gdzie grał aż do rozwiązania w 2015 roku. W tym samym roku miasto Varaždin utworzyło nowy, wolny od długów klub o nazwie Varaždin ŠN, który również zaczął grać w lidze regionalnej. W sezonie 2013/14 NK Varaždin został zakwalifikowany do 3. HNL. W lidze uplasował się na 7.miejscu w grupie północnej.