Od rozgrywek 2000/2001 nieprzerwanie występuje w ekstraklasie.
Od marca 2006 do czerwca 2007 roku szkoleniowcem drużyny, której największymi gwiazdami byli w tym czasie napastnicy Aleksandyr Aleksandrow i Emil Todorow, był Jasen Petrow. W 2006 roku doprowadził on klub do pierwszego w historii finału Pucharu Bułgarii, w którym ostatecznie Czerno More przegrało 1:3 z CSKA Sofia. Po zakończeniu rozgrywek 2006–2007 Petrowa zastąpił 58-letni Nikola Spasow, pracujący już w Warnie w latach 1995–1996. Od 17 grudnia 2012 roku treneren klubu został Georgi Iwanow.
Sukcesy Mistrzostwo Bułgarii mistrzostwo (1): 1937/1938 Puchar Bułgarii zwycięstwo (1): 2015 finał (2): 2006, 2008 Superpuchar Bułgarii zwycięstwo (1): 2015
Europejskie puchary
Sezon Rozgrywki Runda Przeciwnik Dom Wyjazd Ogólnie 2007 Puchar Intertoto 2R Makedonija 4–0 3–0 7–0 3R UC Sampdoria 0–1 0–1 0–2 2008/09 Puchar UEFA 1Q UE Sant Julià 4–0 5–0 9–0 2Q Maccabi Netanja 2–0 1–1 3–1 1R VfB Stuttgart 1–2 2–2 3–4 2009/10 Liga Europy 2Q Iscra-Stal 1–0 3–0 4–0 3Q PSV Eindhoven 0–1 0–1 0–2 2015/16 Liga Europy 2Q Dynama Mińsk 1–1 0–4 1–5 2024/25 Liga Konferencji 2Q Hapoel Beer Szewa 1–2 0–0 1–2 2025/26 Liga Konferencji 2Q İstanbul Başakşehir 0–1 0–4