Okres frankizmu Po zwycięstwie generała Franco, rząd autorytarny i antykomunistyczny, rozpoczął represje wobec komunistów. Rząd Franco zastosował prawo z mocą wsteczną, nazywając działaczy pozostających wiernymi konstytucyjnemu rządowi Hiszpanii mianem powstańców. W tych trudnych warunkach, PCE musiała zreorganizować się na uchodźstwie (Meksyk, Kuba, Chile, Urugwaj, Francja, północna Afryka, Związek Radziecki) oraz w działalności w podziemiu.
Krótko po II wojnie światowej, sekretarz generalny José Díaz umarł w Tbilisi, i został zastąpiony przez Dolores Ibárruri. Partia została zreorganizowana i stopniowo w 1943 zaczęły się ukazywać publikowane w różnych miejscach kraju podziemne wydawnictwa. Przez długi czas, PCE była główną, jeśli nie jedyną zorganizowaną siłą przeciwko dyktaturze Franco. W latach 1944 i 1948 dochodziło do walk partyzanckich, zwanych Maquis. W ich wyniku zginęło bardzo wielu komunistycznych bojowników i cywili wspierających partyzantkę. Ze względu na straty, partia zdecydowała się porzucić drogę walki zbrojnej w 1948 roku, choć niektóre oddziały walczyły z reżimem do 1952 roku.
Dużym ciosem dla opozycji było duże wsparcie finansowe dla Franco ze strony USA w 1955.