W 2004 roku zmienił się menedżer w Liverpoolu. Następcą Houlliera został Hiszpan Rafael Benítez. To właśnie on przesunął Bišćana na pozycję, na której Igor najbardziej lubi grać, czyli defensywnego pomocnika. Z początku był znów rezerwowym, ale kontuzje czołowych graczy spowodowały, że na dłużej wskoczył do składu. Zwłaszcza dobre partie rozegrał w Lidze Mistrzów, w meczach z Bayerem 04 Leverkusen, Juventusem oraz Chelsea. Dopiero w finale wygranym z AC Milan został zastąpiony przez Xabi Alonso, który przyczynił się do trimufu Liverpoolu. Po sukcesie w Lidze Mistrzów Liverpool wystawił Bišćana na listę transferową, który za darmo odszedł do greckiego Panathinaikosu.
Z Liverpoolem oprócz zdobycia Pucharu Mistrzów, Bišćan ma na koncie także Puchar UEFA zdobyty w 2001 roku, a także Puchar Anglii w tym samym roku, Tarcza Dobroczynności oraz Superpuchar Europy.
Latem 2007 Bišćan wrócił do swojego macierzystego klubu, Dinama Zagrzeb. W 2012 roku zakończył w nim swoją karierę.
W reprezentacji Chorwacji Bišćan debiutował 5 czerwca 1999 roku w zremisowanym 1:1 meczu z reprezentacją Macedonii. W reprezentacji nie grał nigdy wiele, zdobył jak do tej pory tylko 1 bramkę i zaliczył tylko kilkanaście występów.