W drugiej edycji Copa Libertadores udział wzięli reprezentanci wszystkich krajów zrzeszonych w CONMEBOL poza Wenezuelą. Zwycięzcą drugi raz z rzędu został urugwajski klub CA Peñarol, który w finale pokonał reprezentanta Brazylii - SE Palmeiras. W półfinale spotkali się finaliści pierwszej edycji Copa Libertadores (Peñarol i Olimpia) - także i w tym przypadku dwumecz wygrał klub urugwajski.
1/8 finału Independiente Santa Fe Bogota - Barcelona SC 3:0 i 2:2 1 02.04 1961 1:0 Osvaldo Panzutto 25, 2:0 Osvaldo Panzutto 34, 3:0 Alberto Perazzo 40 2 02.04 1961 1:0 Alberto Perazzo 10, 1:1 Horacio Romero 46, 2:1 Osvaldo Panzutto 50, 2:2 Horacio Romero 58 Źródło: http://www.rsssf.com/sacups/indep-sf-copa.html
1/4 finału CSD Colo-Colo - Club Olimpia 2:5 i 2:1 1 09.04 1961 Enrique Hormazábal, Jorge Toro - Pedro Antonio Cabral (2), Benicio Ferreira (2), Antonio González 2 16.04 1961 Enrique Hormazábal, Luis Hernán Álvarez - Antonio GonzálezCA Peñarol - Universitario Lima 5:0 i 0:2 1 19.04 1961 1:0 Juan Joya 36, 2:0 Alberto Spencer 44, 3:0 Juan Joya 63, 4:0 Alberto Spencer 77, 5:0 José Sasía 85 2 30.04 1961 0:1 Angel Uribe 30, 0:2 Tomás Iwasaki 37 Źródło: http://www.rsssf.com/sacups/penarol-copa1969.htmlClub Jorge Wilstermann - Independiente Santa Fe Bogota 3:2 i 0:1 1 30.04 1961 1:0 Renán López 8, 1:1 Osvaldo Panzutto 13, 2:1 César