Owen odróżnił również homologię od analogii, czyli różnych struktur wykonujących podobne funkcje (znanej w terminologii kladystycznej także jako homoplazja), którą zdefiniował z kolei jako „część lub organ jakiegoś zwierzęcia, który ma tę samą funkcję jak inna część lub organ innego zwierzęcia”Tamże, s. 374. Patrz również: Alec L. Panchen, „Richard Owen and the concept of homology”. [W:] Brian K. Hall (ed.), Homology: The Hierarchical Basis of Comparative Biology, Academic Press, San Diego 1994, s. 21–62.. Później Erasmus Darwin cytował podobieństwo budowy zwierząt czworonożnych jako świadectwo ich wspólnego pochodzenia, tak też podobieństwa te interpretował Charles Darwin.
Obecnie kreacjoniści w wyjaśnianiu zjawiska homologii kładą nacisk na wspólny projekt zastosowany w świecie przyrody ożywionej i jedność planu organizacyjnego typów roślin i zwierząt. Ich zdaniem homologia (oraz konwergencja) jest przede wszystkim wynikiem aktywności Stwórcy, stąd homologiczne struktury występują również w niespokrewnionych organizmach. Stanowią one wspólne i stałe rozwiązania służące określonej strategii przetrwania. Podobieństwa pomiędzy strukturami według kreacjonistów nie są więc przyczyny historycznej (tj.