16-bitową magistralę ISA zastosowano również w pierwszych komputerach PC opartych na 32-bitowych procesorachWówczas były to procesory serii Intel 80386., lecz ograniczenia magistrali (przede wszystkim – przepustowość) wymusiły poszukiwanie nowych rozwiązań. Firma IBM chcąc zachować tym razem kontrolę nad technologią, w nowej serii komputerów IBM PS/2 zastosowała całkowicie nową, niekompatybilną z ISA magistralę MCA, która nie mogła być stosowana przez innych producentów bez zgody IBM. Doprowadziło to do powstania szeregu konkurencyjnych rozwiązań proponowanych przez konsorcjaW przypadku EISA był to tzw. „Gang of Nine” (z ang. Gang Dziewięciu): Wise, AST Research, Tandy, Compaq, Hewlett-Packard, Zenith Data Systems, Olivetti, NEC i Epson; w przypadku VESA Local Bus – VESA. zrzeszające niezależnych producentów komputerów PC. Kolejno powstały magistrale EISA, VESA Local Bus oraz PCI, które w latach 90. stopniowo zastępowały magistralę ISA, początkowo w zastosowaniach wymagających większej wydajności (głównie karty graficzne, kontrolery dysków oraz karty sieciowe), po innego rodzaju sprzęt, nie wymagający dużych przepustowości (np. karty dźwiękowe, czy modemy).