Według pierwotnych planów Napoleona Legia miała właściwie być rodzajem gwardii republikańskiej, instytucją polityczną broniącą osiągnięć republiki i walczącą o utrzymanie zasad wolności, równości i braterstwa, ale już przy głosowaniu w parlamencie nad wprowadzeniem odznaczenia Pierwszy Konsul trafił na opór skrajnych republikanów, którzy uważali że wszelkie odznaczenia są niezgodne z zasadami Republiki: tak więc w Radzie Stanu było 14 głosów za i 10 przeciw, w Trybunacie 56 za i 38 przeciw oraz w Ciele Ustawodawczym 166 za i 100 przeciw.
Według pierwszych statutów z 2 lipca 1802, opracowanych wstępnie przez Pierre’a Louisa Roederera, składających się z 19 artykułów, Legia została podzielona na cztery klasy: Legionisty (Légionnaire), Oficera (Officier), Komendanta (Commandant) oraz Wielkiego Oficera (Grand Officier). Otrzymała Wielką Radę Administracyjną składającą się z trzech konsulów i 16 kohort oraz I konsula – samego Napoleona (jako Mistrza Legii Honorowej i przewodniczącego WRA z urzędu). Jego dwóch braci Józef i Lucjan oraz generał Kellermann pełniło funkcję trzech konsulów zasiadających (od 14 sierpnia 1804 do rady należał także Étienne Lacépède jako Wielki Kanclerz, a Dejean jako Wielki Skarbnik). Legię podzielono na 16 kohort (prowincji terytorialnych), na których czele stali „wielcy oficerowie”, znani wojskowi np.