W 1991 podejmował w Olsztynie papieża Jana Pawła II w trakcie jego IV podróży apostolskiej do Polski. Na antenie Polskiego Radia Olsztyn od 1990 wygłosił ponad 400 niedzielnych homilii zebranych w cyklach Oczekiwanie (przed wizytą papieską w Olsztynie) i Droga. Przyczynił się do utworzenia na założonym w 1999 Uniwersytecie Warmińsko-Mazurskim w Olsztynie Wydziału Teologii, którego został wielkim kanclerzem. 30 maja 2006 papież Benedykt XVI przyjął jego rezygnację z obowiązków arcybiskupa metropolity warmińskiego.

W ramach prac Episkopatu Polski został przewodniczącym Komisji Misyjnej, Rady ds. Migracji, Turystyki i Pielgrzymek oraz Zespołu ds. Kontaktów z Kościołem Ewangelicko-Augsburskim, a ponadto wszedł w skład Zespołu ds. Kontaktów z Polską Radą Ekumeniczną i Zespołu ds. Kontaktów z Konferencją Episkopatu Niemiec. Przewodnicząc Komisji Misyjnej w latach 1983–1994, utworzył Centrum Formacji Misyjnej w Warszawie oraz zorganizował w 1992 Krajowy Kongres Misyjny w Częstochowie. Równocześnie przez 6 lat pełnił funkcję krajowego dyrektora Papieskich Dzieł Misyjnych w Polsce. W latach 1989–1994 był członkiem Kongregacji ds.