Łąki i pastwiska dominują w dolinach rzek, lasy pozostały głównie na ubogich siedliskach lub na terenach z bogatą rzeźbą terenu, a przez to trudno dostępne dla rolnictwa (północna i południowa część zlewni).
Przepływy charakterystyczne (w m³/s) w latach 1969-1985 powyżej ujścia Gubra do Łyny: SWQ – 56,0, SSQ – 8,97, SNQ – 1,44.
Największe punktowe źródła zanieczyszczeń: ścieki z oczyszczalni miasta Kętrzyna w Trzech Lipach (oczyszczalnia mechaniczno-biologiczna z chemicznym strącaniem fosforu, oddana do użytku w 1997 r.), w roku 2003 odprowadzano bezpośrednio do rzeki ponad 5400 m³/d ścieków, ścieki z mechaniczno-biologicznej oczyszczalni w Karolewie, z której przez rów melioracyjny odprowadzane są ścieki w ilości 170 m³/d (dane z marca 2005 r.), ścieki z mechaniczno-biologicznej oczyszczalni w Garbnie, przez rów melioracyjny trafia około 150 m³/d ścieków (dane z września 2004 r.).
Badania jakości wody prowadzone przez WIOŚ w Olsztynie w jednym przekroju pomiarowo-kontrolnym poniżej Garbna, w odległości 37,4 km od ujścia Gubra do Łyny. Od 2003 r. punkt ten znajdował się w sieci europejskiego systemu monitoringu wód śródlądowych EUROWATERNET.