W 2006 roku swoją premierę miała kontynuacja zatytułowana X-Men: Ostatni bastion.
Streszczenie fabuły Nightcrawler, mutant ze zdolnością teleportacji i poddany praniu mózgu, atakuje Prezydenta Stanów Zjednoczonych w Białym Domu. Zostaje postrzelony i ucieka. W międzyczasie Logan bada opuszczoną bazę wojskową nad jeziorem Alkali w Albercie w poszukiwaniu wskazówek dotyczących swojej przeszłości, jednak nic nie znajduje. Jean Grey boryka się z problemami z koncentracją, a jej moce są coraz trudniejsze do kontrolowania. Logan powraca do szkoły profesora Xaviera, który próbuje odnaleźć Nightcrawlera za pomocą Cerebro. Xavier i Cyclops odwiedzają w celi Magneto, aby zdobyć informacje w sprawie ataku na prezydenta. W tym czasie Storm i Jean Grey docierają do Nightcrawlera. Wojskowy naukowiec, pułkownik William Stryker, otrzymuje zgodę od prezydenta na zbadanie posiadłości Xaviera pod kątem ich powiązań z mutantami po niedawnym ataku. Siły Strykera wchodzą do szkoły i porywają część jej uczniów. Colossus zabiera ocalałych uczniów w bezpieczne miejsce, a Loganowi, Rogue, Icemanowi i Pyro udaje się uciec. Asystentka Strykera, Yuriko Oyama, porywa Cyclopsa i Xaviera.