Gimnazjum Męskie (1862–1932) W 1862 roku do szkoły weszła reforma Wielopolskiego. Szkołę uczyniono 7-klasowym Gimnazjum męskim. Jako główny nauczany przedmiot przywrócono język polski, a język rosyjski zredukowano do 2 godzin tygodniowo. Na nauczycielskie stanowiska powrócili Polacy. Sytuacja Gimnazjum drastycznie zmieniła się w 1864 po upadku powstania styczniowego. Zwolniono dotychczasowego rektora, a na jego miejsce powołano Rosjanina – Zacharowa, ale już jako dyrektora. W szkole rozpoczęła się intensywna rusyfikacja. Wprowadzono wykładowy język rosyjski. W 1900 roku wzniesiono nowy dwukondygnacyjny budynek na tyłach starej szkoły. Wysłużoną jezuicką budowlę, mimo protestów Łomżan rozebrano. W 1905 roku w szkole wybuchł strajk młodzieży. Domagano się przywrócenia jako głównych przedmiotów: j. polskiego i historii, a także zniesienia systemu policyjnego. Żądania strajkujących nie zostały spełnione, a dla nich samych nie było już miejsca w szkole. Liczba uczących się zmalała z 519 do 225 (w tym 48 Polaków). W 1906 r. Stanisław Lutosławski z Drozdowa utworzył dla uczestników strajku nową Szkołę Handlową, która poza budynkiem Gimnazjum istniała do 1918 roku. Do „Handlówki” w latach 1914–1916 uczęszczał przyszły kardynał, Stefan Wyszyński. Po wojnie szkołę przeniesiono do budynku gimnazjalnego i połączono z Gimnazjum.