Po śmierci Bumediena, rozpoczęła się walka o władzę pomiędzy cywilnym i popierającym wolny rynek kandydatem Abd al-Azizem Butefliką a wojskowym Muhammadem Jahjawim, opowiadającym się za wzmocnieniem socjalistycznego kursu. Brak wyraźnej przewagi między jednym z kandydatów, spowodował, że wojsko skłoniło się w stronę Ben Dżadida któremu zaproponowano objęcie tymczasowych rządów. Na IV zjeździe FLN w styczniu 1979 wybrano go sekretarzem generalnym i członkiem Biura Politycznego partii. 7 lutego 1979 w wyborach bezpośrednich został wybrany prezydentem Algierii uzyskując 94,23% głosów poparcia. Po zapewnieniu sobie obu stanowisk doprowadził do usunięcia z kierownictwa partii dotychczasowych rywali: Buteflikę i Jahjawiego a rządy oparł na rodzinie i wojsku.