W początkowym okresie funkcjonowania (do 2000) instytucja nosiła nazwę Biura do spraw Narkomanii i głównie wspomagała organizacje pozarządowe działające na rzecz osób uzależnionych i ich leczenia. Zajmowała się finansowaniem takiego leczenia i zakupem metadonu. Aktywnie na tych polach działał w ramach biura m.in. ksiądz Arkadiusz Nowak. Pierwszym dyrektorem była Grażyna Miros, drugim Olaf Mejer-Zahorowski, a od 1999 do dziś Piotr Jabłoński. W 2011 minister zdrowia powierzył instytucji zarządzanie Funduszem Rozwiązywania Problemów Hazardowych. W 2018 biuro zatrudniało trzydziestu pracowników zajmujących się problematyką narkomanii oraz uzależnień behawioralnych. W 2017 na realizację zadań biura minister zdrowia przeznaczył 33 miliony złotych. 1 stycznia 2022 roku Krajowe Biuro do Spraw Przeciwdziałania Narkomanii zostało połączone z Państwową Agencją Rozwiązywania Problemów Alkoholowych w Krajowe Centrum Przeciwdziałania UzależnieniomUstawa z dnia 17 listopada 2021 r. o zmianie ustawy o zdrowiu publicznym oraz niektórych innych ustaw ()..