24 marca 2007 roku rozegrała swój pierwszy mecz. W Podgoricy zespół prowadzony od lutego 2007 roku przez Zorana Filipovicia pokonał 2:1 Węgry. Pierwszą w historii bramkę dla reprezentacji Czarnogóry zdobył w 64. minucie z rzutu karnego kapitan Mirko Vučinić.
W czerwcu 2007 Czarnogóra zagrała w międzynarodowym turnieju Kirin Cup. Jej rywalami były zespoły Japonii i Kolumbii. Podopieczni Filipovicia oba mecze przegrali, odpowiednio 0:2 i 0:1.
Pierwszymi eliminacjami, w których wystąpiła nowo powstała reprezentacja Czarnogóry, były eliminacje do Mistrzostw Świata w Piłce Nożnej 2010 w RPA. Podopieczni trenera Filipovicia zostali przydzieleni do grupy ósmej razem z Włochami, Irlandią, Bułgarią, Cyprem i Gruzją. Zajęli w niej piąte miejsce zdobywając dziewięć punktów w dziesięciu meczach po jednym zwycięstwie (z Gruzją 2:1), sześciu remisach (z Bułgarią i Cyprem po 2:2, Gruzją 0:0, dwukrotnie z Irlandią po 0:0, i ponownie Cyprem 1:1) i trzech porażkach (dwukrotnie z Włochami 1:2 i 0:2) oraz Bułgarią (1:4) i nie awansowali ostatecznie na mundial. Porażka w tych eliminacjach sprawiła, że Filipović 5 lutego 2010 roku przestał być trenerem reprezentacji. Jeszcze tego samego dnia na tym stanowisku zastąpił go Zlatko Kranjčar.