Na początku 1940 nawiązał kontakt z Tadeuszem Komorowskim, tworząc konspiracyjną organizację ziemian pod nazwą „Uprawa”, potem „Tarcza”. Zadaniem organizacji było zapewnienie ZWZ-AK pomocy w terenie, kwater, zaopatrzenia dla oddziałów partyzanckich oraz pomocy dla rodzin aresztowanych żołnierzy państwa podziemnego. Zajmowała się także pomocą Żydom.
W lecie 1943 gen. Komorowski zlecił Andrzejowi Józefowi nawiązanie rozmów z władzami węgierskimi. Za pomocą Stefana Badeniego nawiązał kontakt w listopadzie 1943 ze sztabem generalnym armii węgierskiej, prowadząc rozmowy na temat dostaw broni dla AK oraz zorganizowania na terenie Węgier oddziałów z internowanych oficerów i żołnierzy polskich. Początkowo przebieg rozmów nie był pomyślny, jednak w styczniu 1944 udało się uzyskać poparcie wpływowej części dowództwa armii węgierskiej dla polskich poczynań polegających na scaleniu polskich grup konspiracyjnych na Węgrzech w oddziały Armii Krajowej. Rozmowy zostały przerwane 19 marca 1944 po wkroczeniu do Budapesztu wojsk niemieckich.