Największym naturalnym zbiornikiem wodnym jest jezioro Czad, którego południowa część należy do terytorium Nigerii. Niewielkie jeziora kraterowe występują w północno-wschodniej Nigerii. W środkowo-zachodniej części kraju występują dwa największe sztuczne zbiorniki wodne. Są to Kainji na Nigrze oraz Shiroro na rzece Kaduna. Powstały one w wyniku zbudowania tam.
Gleby W południowo-wschodniej części kraju, gdzie lasy równikowe uległy znacznej degradacji, występują czerwono-żółte gleby ferralitowe (ferralsole), oraz akrisole. Pas nadbrzeżny Nigerii jest pokryty czerwonymi glebami ferralitycznymi (nitisole), mają one nieco większą zawartej w sobie próchnicy niż ferralsole. Największą powierzchnię kraju zajmują gleby fersialitowe i żelaziste gleby płowe (luwisole). Gleby te pokrywają rozległe obszary na płaskowyżach w południowo-zachodniej i północnej części kraju. Północne rejony, gdzie występuje sawanna sudańska, znaczne obszary są pokryte arenosole, o barwie czerwonobrązowej. Aluwialne fluwisole występują w delcie Nigru.