Ordery i odznaczenia Krzyż Komandorski Orderu Odrodzenia Polski (2011) Krzyż Oficerski Orderu Odrodzenia Polski (2007) – pkt 2. Order Ecce Homo (2015) Złoty Medal „Zasłużony Kulturze Gloria Artis” (2005) Złota Odznaka Honorowa Województwa Małopolskiego – Krzyż Małopolski (2014) Odznaka „Honoris Gratia” (2014) Medal „Plus ratio quam vis” Uniwersytetu Jagiellońskiego (2020)Nie siłą, lecz rozumem rozjaśnia się ciemności. UJ honoruje ks. Adama Bonieckiego, 10 listopada 2020, [dostęp 2020-11-12] Komandoria Orderu Narodowego Zasługi (Francja, 2012)
Nagrody i wyróżnienia Nagroda im. Dariusza Fikusa w kategorii „wydawca” (2008) Nagroda Za Odważne Myślenie przyznawana przez Zarząd Konfederacji Lewiatan i Fundację na Rzecz Myślenia im. Barbary Skargi (2012) Nagroda specjalna ZAiKS-u (2014) Nagroda Kisiela (2015) Nagroda im. Jerzmanowskich (2016) tytuł doktora honoris causa Uniwersytetu Łódzkiego (2018) Nagroda Specjalna Orła Jana Karskiego za serdeczną troskę o ład moralny w społeczeństwie, sumienie w Kościele i prawdę w dziennikarstwie (2024) Nagroda „Pontifici” przyznana przez warszawski Klub Inteligencji Katolickiej (2024) Honorowe obywatelstwo Krakowa (2025)
Zobacz też Adam Boniecki (heraldyk) Nagroda im.