W czerwcu 2005 jego kontrakt wygasł i Šokota na zasadzie wolnego transferu przeszedł do odwiecznych rywali Benfiki, FC Porto. W Porto także nie wywalczył miejsca w składzie i w sezonie 2005/2006 rozegrał w lidze 2 mecze, zaś rok później jeden. Latem 2007 piłkarz wrócił do ojczyzny i ponownie został piłkarzem stołecznego Dinama Zagrzeb.
W portugalskim etapie kariery Šokoty największymi sukcesami było zdobycie mistrzostwa Portugalii z Benfiką w 2005 roku oraz z FC Porto w 2006, Puchar Portugalii z Benfiką w 2004 i z Porto w 2004. Zdobył też wicemistrzostwo kraju z Benfiką, w 2004.
W pierwszym sezonie po powrocie Šokota zagrał w 14 ligowych spotkań, zdobył pięć bramek. Rok później wystąpił już w sześciu meczach. Po dwóch sezonach spędzonych w stolicy Chorwacji, Šokota przeszedł do belgijskiego KSC Lokeren. W klubie tym zadebiutował 1 sierpnia 2009 roku w meczu z SV Zulte-Waregem. W sezonie 2010/2011 grał w słoweńskiej Olimpiji Lublana, w której zakończył karierę.