W latach 1991–1993 był doradcą ds. kultury wiceprezydenta Aleksandra Ruckoja. W wyborach parlamentarnych w 1995 r. bez powodzenia kandydował do Dumy Państwowej Federacji Rosyjskiej z listy partii Nasz Dom – Rosja. W wyborach prezydenckich w 1996 r. otwarcie popierał Borysa Jelcyna, ubiegającego się o reelekcję. W 2000 r. wspierał generała Władimira Szamanowa, ubiegającego się o stanowisko gubernatora obwodu uljanowskiego.
W 1999 r. został wybrany członkiem prezydium Naszego Domu – Rosji. W kwietniu 2000 r. został sygnatariuszem listu popierającego politykę prezydenta Władimira Putina odnośnie do trwającego konfliktu w Czeczenii.
Od 2006 r. do 2011 r. był przewodniczącym Rady Publicznej przy Ministerstwie Obrony Federacji Rosyjskiej. W styczniu 2008 r. przyjechał do Serbii, aby wspierać Tomislava Nikolicia, ubiegającego się o urząd prezydenta. Sam Michałkow podkreślał swoje poparcie dla serbskiej suwerenności nad obszarem Kosowa.
Poparł rosyjską aneksję Krymu. 31 sierpnia 2015 r. Służba Bezpieczeństwa Ukrainy zakazała Michałkowowi wjazdu na Ukrainę na okres pięciu lat. Sam Michałkow wzywał jednakże do wypuszczenia na wolność ukraińskiego reżysera Ołeha Sencowa, więzionego w Rosji pod zarzutem planowania działań terrorystycznych.
W wyborach prezydenckich w 2018 r.