Karta organizacji zakazuje podnoszenia kwestii dwustronnych podczas obrad.
Sekretariat
Sekretariat z siedzibą w Pekinie jest głównym organem wykonawczym organizacji. Sekretarz Generalny wybierany jest na trzyletnią kadencję. Od 1 stycznia 2025 roku funkcję tę pełni Nurlan Yermekbayev z Kazachstanu. Regionalna Struktura Antyterrorystyczna (RATS)
z siedzibą w Taszkentcie służy współpracy państw członkowskich przeciwko terroryzmowi, separatyzmowi i ekstremizmowi. W latach 2011-2015 RATS udaremniła 20 planowanych ataków terrorystycznych, aresztowała 2700 członków grup ekstremistycznych i odzyskała 52 tony materiałów wybuchowych. Obszary współpracy
Bezpieczeństwo
SzOW koncentruje się na zwalczaniu tzw. : terroryzmu, separatyzmu i ekstremizmu. Organizacja prowadziła regularne ćwiczenia wojskowe „Peace Mission” z udziałem wszystkich członków. SzOW odpowiadała za 14% skonfiskowanych narkotyków na świecie w latach 2012-2017.
Współpraca gospodarcza
Podczas szczytu 2025 w Tiencinie państwa członkowskie zgodziły się na utworzenie banku rozwoju SzOW w celu zmniejszenia zależności od dolara amerykańskiego.