W październiku tego samego roku na skutek francuskiej interwencji marokański samolot wylądował w Algierze, zmuszając jego pasażerów – Ahmada Ben Bellę i pięciu innych przywódców algierskich do podporządkowania się władzom francuskim: zostali aresztowani i zatrzymani we Francji. W 1958 roku został zaocznie wybrany wiceprezydentem Algierii. W marcu 1962 francuski prezydent Charles de Gaulle zwrócił wolność Ben Belli, który podjął rozmowy z francuskim premierem Georges'em Pompidou w Évian-les-Bains.
Jako przywódca niepodległej Algierii Po rozmowach między Pompidou a Ben Bellą zawarto porozumienie w sprawie zawieszenia broni. Algieria stała się niepodległym państwem, zaś armia Francji opuściła jej terytorium. Ahmad Ben Bella objął funkcję premiera Rządu Tymczasowego powstałego we wrześniu 1962, zaś rok później został pierwszym prezydentem w historii republiki. Po wybraniu na stanowisko prezydenta w dalszej mierze sprawował urząd premiera. Jego władza została wzmocniona jeszcze bardziej w 1964 roku, kiedy to został sekretarzem generalnym rządzącej monopartii. Ben Bella w różnych okresach czasu stał ponadto na czele armii, jako naczelny wódz oraz kierował ministerstwami informacji, spraw wewnętrznych, finansów, gospodarki i planowania.