Nominacja, początkowo tylko na 1 rok, została przedłużona we wrześniu 1459 o kolejne trzy lata; latem 1460 Legendorf przybył na Warmię, został wybrany przez kapitułę i oficjalnie zatwierdzony przez papieża jako pełnoprawny biskup warmiński, i w porozumieniu z królem Kazimierzem Jagiellończykiem objął rządy w diecezjiMarian Biskup, Dzieje narodu i państwa polskiego. Wojna trzynastoletnia, KAW, Kraków 1990, s.58..
Przejmował diecezję warmińską w trudnym momencie; toczyła się wojna trzynastoletnia, wobec której biskup, chcąc uchronić Warmię od spustoszeń, usiłował przyjąć postawę neutralną. Był jednak zmuszony do lawirowania, początkowo wspierał zakon krzyżacki (zostało zawarte porozumienie pokojowe między biskupem a wielkim mistrzem), od 1464 stał po stronie polskiej. 4 listopada 1464 Legendorf złożył przysięgę wierności królowi Kazimierzowi, w 1466, krótko przed układami pokojowymi, wypowiedział wojnę zakonowi. Na rokowaniach polsko-krzyżackich był zdecydowanym przeciwnikiem ustępstw wobec zakonu. Był sygnatariuszem i gwarantemAntoni Gąsiorowski, Polscy gwaranci traktatów z Krzyżakami XIV-XV wieku, w: Komunikaty Mazursko-Warmińskie nr 2-3, 1971, s. 258. aktu pokoju toruńskiego 1466 rokuVolumina Legum, t. I, Petersburg 1859, s. 101..