17 marca 1999 roku Gmina Wyznaniowa Żydowska w Szczecinie ma mocy ustawy z 1997 roku o restytucji mienia żydowskiego, wystąpiła z wnioskiem o zwrot synagogi. W planach był jej remont oraz urządzenie w jej wnętrzu centrum lub muzeum żydowskiego. Pomoc w urządzeniu ekspozycji, a także chęć przekazania części własnych eksponatów zgłosiło Muzeum Ziemi Lubuskiej z Zielonej Góry. Wobec złej sytuacji finansowej gminy żydowskiej, wycofała się ona z pomysłu przejęcia synagogi i jej adaptacji na centrum żydowskie. Od tego czasu budynek niszczał i coraz bardziej popadał w ruinę.
Na początku XXI wieku synagoga została sprzedana prywatnemu przedsiębiorcy, który po remoncie ma zamiar przeznaczyć go na obiekt biurowo-handlowy. Podstawowe prace budowlane zostały zakończone do końca 2005 roku. W okresie zimy roboty budowlane kontynuowane są we wnętrzu. Po zakończeniu prac remontowych inwestor ma zamiar w obiekcie zlokalizować centrum handlowe. Powierzchnie handlowe mają być rozmieszczone na parterze i piętrze budynku – łącznie około 500 m² powierzchni. Odtworzono zamurowane wcześniej okna oraz wyremontowano elewacje zewnętrzne. W sposób zasadniczy zmienione zostanie wnętrze ze względu na przyszłe przeznaczenie budowli, jednak zakonserwowano i wyeksponowano obramowanie aron ha-kodesz.