Jednonawowa, wysoka na 6,5 metra główna sala modlitewna posiadała pierwotnie obniżoną o kilka centymetrów, w stosunku do ulicy posadzkę, a do wnętrza wchodziło się po kilku stopniach. Wynikało to z przepisów kościelnych, które zakazywały budowanie synagog większych od kościołów. Takie zabiegi pozwalały obniżyć poziom wnętrza, a tym samym otrzymać wysokie sale modlitewne. Pierwotnie na środku sali stała dwuwejściowa bima. Prawdopodobnie po 1865 roku, kiedy przeprowadzono pierwszy remont budynku, bimę zgodnie z panującą wówczas modą w niemieckich synagoga, przesunięto bezpośrednio przed aron ha-kodesz. Nie wiadomo czy ściany sali głównej były pokryte polichromiami, co było typowe dla synagog ortodoksyjnych, czy zgodnie z klasycystyczną modą ściany były oszczędne w wyrazie. Z roku na rok judaizm reformowany stawał się coraz bardziej popularny wśród międzyrzeckich Żydów, co miało zapewne ogromny wpływ na wewnętrzny wystrój synagogi.
Na temat wyposażenia ruchomego wiadomo niewiele.