Kariera reprezentacyjna Krpan zadebiutował w reprezentacji 6 czerwca 1998 w meczu towarzyskim z Australią rozgrywanym w Zagrzebiu przed MŚ we Francji. Wielkim zaskoczeniem było zwycięstwo Chorwatów aż 7:0, a Krpan w 59 minucie zastąpił samego Roberta Prosineckiego. Nie można się więc dziwić, że pewnym zaskoczeniem było powołanie przez Miroslava Blaževicia zawodnika, który tylko raz i w dodatku przez 31 minut wystąpił w składzie reprezentacji. Następny występ to mecz ćwierćfinałowy MŚ z Rumunią, który Chorwaci wygrali 1:0 i przeszli do dalszych rozgrywek, a Krpan wystąpił na boisku przez 13 minut zastępując Gorana Vlaovicia. Ostatni, 3 jak do tej pory występ Krpana w reprezentacji to mecz rozgrywany 5 września 1998 z Irlandią w Dublinie w ramach kwalifikacji do Euro 2000, który to mecz Chorwaci przegrali 0:2, a Krpan pojawił się na boisku w 63 minucie zastępując Igora Tudora.