W kwietniu 2006 roku trenerem Nafteksu został jeden z najbardziej utytułowanych szkoleniowców ostatnich lat w Bułgarii Georgi Wasilew. Na koniec rozgrywek 2006/2007 jego podopieczni zajęli drugie miejsce w tabeli, ale w dwumeczu barażowym o grę w I lidze przegrali z Widimą-Rakowski Sewliewo. Dwa lata później, w sezonie 2008/2009, Nafteks ponownie zajął drugie miejsce w grupie "B" i zapewnił udział w barażach o wyjście do elitarnej dywizji. 17 czerwca 2009 roku, jednak piłkarze z Burgasu tracą Sportistem Swoge z 4:6 po rzutach karnych (w regulaminowym czasie gry i po dogrywce wynik był 2:2).
3 lipca 2009 zarząd klubu postanowił zakończyć istnienie Nafteksu poprzez połączenie z PFK Pomorie pod nazwą Czernomorec Pomorie do udziału w grupie wschodnie B PFG z licencją ligową zespołu z Burgasu. Prawie wszyscy piłkarze z klubu i dzieci ze szkoły piłkarskiej przeszli w nowo powstały klub Czernomorec Pomorie lub do Czernomorca Burgas.