Twórcy pierwszego skaningowego mikroskopu tunelowego do wytłumienia drgań wykorzystali zjawisko unoszenia się nadprzewodnika w polu magnetycznym – umieścili swój mikroskop na nadprzewodzącej czaszy ołowianej wypychanej na zewnątrz z niejednorodnego pola magnetycznego.
Zdolność rozdzielcza mikroskopu pozwala dostrzec poszczególne atomy. Wadą mikroskopu STM jest ograniczenie możliwości obserwacji tylko do próbek wykonanych z przewodników. Aby badać materiały nieprzewodzące, należy posłużyć się mikroskopem sił atomowych.
Artefakty Istnieje szereg czynników zakłócających bądź zniekształcających odczyt STM. Poniżej wymienione niektóre z nich: nieliniowość charakterystyki skanera: nieliniowość samoistna histereza pełzanie starzenie sprzężenie ruchów splot z kształtem sondy błędy wynikające z właściwości próbki: zmiana przewodności (np. utlenienie części próbki) dryf termiczny błędy wynikające z działania sprzężenia zwrotnego błędy przetwarzania obrazu