Pierwszego dokładnego opisu wysp dokonał Amerigo Vespucci, przybyły z portugalską ekspedycją do Brazylii w 1503 r. W 1534 r. archipelag Fernando de Noronha został podbity przez Anglię, a w okresie 1556 do 1612 r. był w posiadaniu Francuzów. W 1628 r. był okupowany przez Holandię, czemu kres położyła dwa lata później hiszpańsko-portugalska ekspedycja wojskowa pod wodzą Rui Calaza Borgesa. Holendrzy przejęli wyspy raz jeszcze w 1635 r., urządzając na nich szpital dla wojsk okupujących północno-wschodnią Brazylię (wybrzeże między Rio Sao Francisco a Maranhão). Wyspy zaczęły być znane jako Pavonia, na cześć Michiela de Pauw, jednego z dyrektorów Holenderskiej Kompanii Wschodnioindyjskiej. Miało to przypominać niemal dwudziestoletnie panowanie Holendrów, po którym Portugalia odbiła archipelag.
W 1736 r. Francuska Kompania Wschodnioindyjska, zastając wyspy niezamieszkane i opuszczone, zagarnęła je i przemianowała na Wyspy Dauphine'a.