Według kanonu 2314 prawa kanonicznego z 1917 r., PSKCh jest schizmatyczne, bo uzurpuje sobie prawo do własnej jurysdykcji. Co więcej otwarcie i aktywnie popiera komunizm, co podlega karze ekskomuniki od 1938 r. Dlatego papież Pius XII musiał ekskomunikować biskupów, którzy przystąpili do PSKCh w 1957 r., podważając dogmat o prymacie papieskim przyjęty na Pierwszym Soborze Watykańskim w 1870 r.
Wiele osób, które należą do PSKCh, w rzeczywistości jest lojalna wobec Stolicy Apostolskiej. Uważa się, że większość duchownych PSKCH, nawet 70 proc., w sekrecie pojednała się ze Stolicą Apostolską i działa w Kościele podziemnym. Jednym z celów Watykanu jest połączenie obu nurtów chińskiego Kościoła.
Kwestia Tajwanu i nuncjatury apostolskiej Chińska nuncjatura apostolska mieści się obecnie w Tajpej na Tajwanie, gdzie w 1949 r. przeniósł się rząd Republiki Chińskiej, po tym, jak władzę w Chinach objęli komuniści. Nuncjusz początkowo pozostał w Chinach, żeby próbować nawiązać stosunki z nowym rządem, został jednak wydalony. Ze względu na gotowość negocjacji z komunistami, nacjonalistyczny rząd na Tajwanie nie zgodził się przyjąć nuncjusza, ale jego następcom umożliwiono pracę na Tajwanie, gdzie obecnie mieszka 300 tys. katolików. Przedstawicielstwo formalnie nosi nazwę „Nuncjatury w Chinach”.