Personel NERV-u to komendant NERV-u. Jest on odpowiedzialny za badania nad Evangelionami, Rei Ayanami i również za Projekt Dopełnienia Ludzkości. Jest ojcem Trzeciego Dziecka, Shinjiego Ikari i opiekunem Rei. Jego wcześniejsze nazwisko to Rokubungi, ale zmienił je na Ikari po ślubie z Yui. Na początku serialu jest on jedyną osobą, która nawiązała jakikolwiek kontakt z Rei Ayanami. Wraz z rozwojem wydarzeń w anime, ukazane jest jego ogromna miłość do zmarłej żony i jego za wszelką cenę dążenie do założonego celu.
– Profesor biologii z Uniwersytetu Kioto, jest Zastępcą Komendanta Gendō w NERV-ie. Nauczał utalentowaną Yui Ikari i wpłacił kaucję z przebywającego w areszcie Gendō. Z początku był przeciwieństwem Gendō, nazywając go "nieprzyjemnym gościem". Yui jednak uważała Gendō za miłą osobę. Fuyutsuki najwyraźniej czuł do Yui coś więcej niż tylko przyjaźń.
Po tym jak w 2003 roku Fuyutsuki zagroził Gendō ujawnieniem prawdy na temat Drugiego Uderzenia, Ikari zaprowadził go do Central Dogma i pokazał nieukończoną Jednostkę 00. Gendō kusił Kōzō, żeby przyłączył się do niego i "tworzył nową przyszłość dla ludzkości, razem z nim". Fuyutsuki zgodził się i zaczął pomagać Gendō.