Świeżo awansowana Misato obejmuje dowództwo, a nad Ziemią pojawia się nowy Anioł, który zamierza zbombardować Tokio-3. |- |13 |使徒、侵入 (Shito, shinnyū)|Lilliputian Hitcher|Lilipuci olbrzym|Tensai Okamura |Hideaki Anno Mitsuo Iso |27 grudnia 1995 r. |- | colspan="7" |Anioł dostaje się do bazy NERV i szybko przejmuje superkomputer MAGI. Ritsuko proponuje napisać program, który zniszczy Ireula, wykorzystując jego zdolność ewolucji. |- |14 |ゼーレ、魂の座 (Zēre, tamashii no za)|Weaving a Story|Snucie opowieści|Masahiko OhtsukaKen Ando |Hideaki Anno |3 stycznia 1996 r. |- | colspan="7" |Seele ocenia postępowanie NERV i Gendo podczas walki z Aniołami od Trzeciego do Jedenastego. Ritsuko przeprowadza test, w którym piloci Evy zamieniają się mechami. |- |15 |嘘と沈黙 (Uso to chinmoku)|Those women longed for the touch of others' lips, and thus invited their kisses.|Kłamstwa i milczenie|Naoyasu Habu |Hideaki Anno Akio Satsukawa |10 stycznia 1996 r. |- | colspan="7" |Pierwszy raz od lat Shinji spotyka ojca nad grobem swojej matki. Ritsuko, Misato i Ryoji idą na wesele, a Asuka na randkę. |- |16 |死に至る病、そして (Shi ni itaru yamai, soshite)|Splitting of the Breast|Śmiertelna choroba i...|Kazuya Tsurumaki |Hideaki Anno Hiroshi Yamaguchi |17 stycznia 1996 r. |- | colspan="7" |W czasie walki Shinji zostaje wciągnięty z Evą Jeden do cienia Anioła.