Pozostał również wiceprezesem ugrupowania Porozumienie, powstałego w listopadzie 2017 z przekształcenia Polski Razem.
W styczniu 2018 premier Mateusz Morawiecki powierzył mu kierowanie Ministerstwem Cyfryzacji, samemu przejmując nadzorowanie resortu. W marcu tego samego roku Marek Zagórski zrezygnował z członkostwa w Porozumieniu, a w kwietniu przystąpił do Prawa i Sprawiedliwości. 17 kwietnia 2018 został powołany na stanowisko ministra cyfryzacji.
W wyborach w 2019 Marek Zagórski z powodzeniem ubiegał się o poselską reelekcję, otrzymując 9143 głosów. 15 listopada 2019 ponownie objął urząd ministra cyfryzacji, wchodząc w skład drugiego gabinetu dotychczasowego premiera. Zakończył urzędowanie na funkcji ministra 6 października 2020 w ramach rekonstrukcji rządu. Następnego dnia został powołany na sekretarza stanu w Kancelarii Prezesa Rady Ministrów i pełnomocnika rządu do spraw cyberbezpieczeństwa. Pełnił tę funkcję do czerwca 2021. W marcu 2023 zrezygnował z mandatu poselskiego. W kwietniu tego samego roku objął stanowisko prezesa zarządu Krajowej Grupy Spożywczej;