Prezydent RP na uchodźstwie Po klęsce wrześniowej, na podstawie artykułów 13 i 24 Konstytucji kwietniowej z 1935Po wymuszonej przez aliantów rezygnacji Bolesława Wieniawy-Długoszowskiego., został mianowany następcą na stanowisku prezydenta przez Ignacego Mościckiego i objął urząd 30 września. Na początku pełnienia tego urzędu zrezygnował z części uprawnień prezydenckich na rzecz premiera rządu Władysława Sikorskiego (tzw. umowa paryska).
Na początku grudnia 1939, wraz z rządem, przeniósł się do Angers, gdzie rząd Rzeczypospolitej Polskiej na uchodźstwie uzyskał siedzibę eksterytorialną. Tuż przed podpisaniem rozejmu Francji z Niemcami udał się wraz z rządem do Wielkiej Brytanii na zaproszenie rządu brytyjskiego, na pokładzie krążownika Royal Navy. W lipcu 1940 udzielił dymisji gen. Sikorskiemu i desygnował na premiera polityka obozu piłsudczykowskiego Augusta Zaleskiego. Pod naciskiem Brytyjczyków ponownie powołał Sikorskiego na fotel szefa rządu RP na uchodźstwie.
Po przybyciu z okupowanego kraju kuriera, Jana Karskiego, na prośbę żydowskiego podziemia wystosował 18 grudnia 1942 dramatyczny list do papieża Piusa XII, błagając go o publiczną obronę mordowanych Polaków i Żydów.