Władze uczelni w kadencji 2018–2020 (do 31 sierpnia 2020): Rektor: ks. prof. dr hab. Wojciech Zyzak Prorektor ds. studenckich i dydaktyki: ks. dr hab. Robert Tyrała, prof. UPJPII Prorektor ds. rozwoju i polityki kadrowej: ks. dr hab. Antoni Świerczek, prof. UPJPII Prorektor ds. potencjału naukowego i współpracy międzynarodowej: ks. prof. dr hab. Józef Stala
Dziekani wydziałów Wydział Filozoficzny: ks. dr hab. Miłosz Hołda, prof. UPJPII Wydział Historii i Dziedzictwa Kulturowego: dr hab. Józef Kałużny, prof. UPJPII Wydział Nauk Społecznych: ks. dr hab. Grzegorz Godawa, prof. UPJPII Wydział Prawa Kanonicznego: ks. dr hab. Andrzej Wójcik Wydział Teologiczny: ks. dr hab. Witold Ostafiński, prof UPJPII Wydział Teologiczny Sekcja w Tarnowie: ks. dr hab. Grzegorz Baran, prof. UPJPII
Struktura organizacyjna Wydziały thumb|Biblioteka Główna na Ruczaju