W wiekach średnich Lipari była posiadłością biskupią prawdopodobnie od III wieku n.e., a przynajmniej od VI wieku relikwie św. Bartłomieja są czczone w miejscowej katedrze. W IX stuleciu, gdy Arabowie zdobyli Sycylię, saraceńscy piraci opanowali Morze Tyrreńskie i wymordowali większość mieszkańców Lipari. W latach 1060–1090, gdy Normanowie wypędzili Arabów z Sycylii, Lipari została ponownie zaludniona. W 1131 wyspa stała się znów siedzibą biskupstwa.
Od tej pory historia wyspy stała się częścią historii Sycylii. Od Normanów przeszła w ręce dynastii Hohenstaufów, następnie Andegawenów, wreszcie dynastii aragońskiej, aż do czasów, gdy król aragoński, Karol I, został królem Hiszpanii, a następnie cesarzem Świętego Cesarstwa Rzymskiego, Karolem V. W 1544 turecki admirał Hayreddin Barbarossa zajął wyspę i deportował całą jej ludność. Karol V znów zasiedlił wyspę ludnością hiszpańską i w 1556 wybudował potężne mury miasta, na ruinach greckiego akropolu. Od tej pory ludność miasta Lipari była bezpieczna, jednakże piraci nękali wyspę aż do wieku XIX. Podczas rządów faszystowskich Lipari była miejscem zesłania dla politycznych opozycjonistów.