Wyposażenie wnętrza Polichromia zdobiąca wnętrze jest dziełem Jana Bukowskiego z 1913, odnawiana w 1930. Ołtarz główny i cztery ołtarze boczne oraz ambona powstały w warsztacie krakowskiego snycerza Jerzego Hankisa w latach 1697–1699. W ołtarzu głównym znajduje się obraz św. Józefa z Chrystusem w wieku chłopięcym, namalowany we Włoszech w pierwszej połowie XVII wieku. Według tradycji klasztornej obraz ten został przywieziony z Rzymu przez biskupa krakowskiego Jakuba Zadzika, który otrzymał go od papieża Urbana VIII w 1627. Biskup podarował ten wizerunek swojej siostrze Teresie Zadzikównie (1592–1652), która była współzałożycielką i pierwszą przełożoną tutejszego konwentu. Od 1879 przed wizerunkiem św. Józefa w tutejszym kościele odbywają się obchody patronalne, a obraz cieszy się ogromnym kultem wśród mieszkańców Krakowa. Od 1884 odbywa się tutaj także wieczysta adoracja Najświętszego Sakramentu.
W ołtarzu bocznym po lewej stronie znajduje się figurka przebranego w kolorowe szatki maleńkiego Jezusa. Pochodzi ona ze zburzonej w 1823 kaplicy św Kolety na Stradomiu, należącej do sióstr bernardynek.